Главным сдерживающим фактором эксперты называют низкую доходность бизнеса. Без учета государственных субсидий средняя рентабельность вологодского фермерства не превышает 7%. В таких условиях у аграриев фактически отсутствуют свободные оборотные средства. Ситуацию усугубляет позиция коммерческих банков: из-за отсутствия ликвидной залоговой базы и стабильных финансовых оборотов малые хозяйства не могут получить кредиты на модернизацию техники или закупку кормов.

Дополнительное давление на сектор оказывает ценовой дисбаланс. Закупочные тарифы со стороны крупных перерабатывающих заводов и розничных сетей остаются на низком уровне, в то время как стоимость горюче-смазочных материалов, электроэнергии, запчастей и комбикормов стабильно растет. Кроме того, фермеры сталкиваются с логистическими трудностями и жесткими климатическими условиями региона, сокращающими период эффективного ведения полевых работ.

Помимо чисто финансовых барьеров, агропромышленный комплекс области столкнулся с дефицитом базовых ресурсов — земельного и кадрового. В районах фиксируется нехватка свободных и пригодных для оперативного ввода в оборот участков. При этом наиболее острой проблемой остается кадровый голод: из-за оттока населения в крупные города сельские территории испытывают жесткий дефицит как квалифицированных специалистов, так и линейных рабочих.